El municipio de Trujillo, está ubicado en la costa caribeña de Honduras y es la cabecera departamental de Colon. Cuenta con acceso terrestre a través de la carretera CA-13 Oriente y con un acceso marítimo a través de Puerto Castilla.
Trujillo limita: al norte, mar de las Antillas, al sur, municipio de tocoa, san esteban e iriona; al este, municipio de limón y santa rosa de Aguán y al oeste, municipios de santa fe y sonaguera.
Tiene una Extensión territorial de 1.532 km², su Feria patronal es el 24 de junio, día de san Juan bautista, tiene 7 Aldeas 114 Caseríos (incluye caseríos de bonito oriental) y una población: 43.498 la Bahía de Trujillo es considerada entre las más exuberantes e impresionantes a nivel mundial. Detrás del pueblo de Trujillo suben las montañas de Capira y Calentura alcanzando una elevación de un poco más de 4.000 pies sobre el nivel del mar.
El genovés Cristóbal Colón desembarcó en Trujillo el 14 de agosto de 1502, durante su cuarto y último viaje a América Central. Colón llamó a este lugar Punta de Caxinas. Era la primera vez que tocaba tierra en América Central. Como notó que en este sitio el agua era muy profunda, lo llamó Golfo de Honduras.

La historia del actual pueblo comienza en 1524, poco después de la Conquista de México por Hernán Cortés. Cortés envió a Cristóbal de Olid para que fundara una base española en la región, y él estableció una aldea llamada Triunfo de la Cruz en las cercanías. Cuando De Olid empezó a usar el pueblo como base para establecer su propio reino en el país, Cortés envió a Francisco de las Casas a eliminarlo. De las Casas perdió casi todos sus barcos en una tormenta, sin embargo fue capaz de derrotar a De Olid y devolverle la región a Cortés. De las Casas decidió reubicar el pueblo a su lugar actual, debido a que el puerto natural era más grande. Al mismo tiempo, la aldea Triunfo de la Cruz fue llamada Trujillo. Dejó a un encargado, Juan López de Aguirre para que estableciera la nueva aldea. Pero éste también se fue, dejando como encargado de fundar la aldea a un tal Juan de Medina.

La “villa” de Trujillo fue fundada el 18 de mayo de 1525 en presencia, por Juan de Medina, quien fungiría como alcalde, siguiendo las órdenes de Francisco de las Casas, quien no estuvo presente en su fundación (a pesar de lo cual se lo considera su fundador). De las Casas era oriundo de Truxillo (en la provincia de Cáceres, España), por lo que dejó ordenado que se le diera este nombre.
Cortés visitó la aldea poco después, durante una campaña para eliminar a sus opositores. Desde este lugar envió barcos para establecer colonias en Jamaica y Cuba para producir semillas y animales domésticos. En los siguientes años, Trujillo se convirtió en un importante punto de embarque de oro y plata que se extraían en el interior del país. Debido a su poca población, también se volvió un objetivo de los piratas.
Hacia 1550 los españoles fundaron la Fortaleza de Santa Bárbara (El Castillo), sobre una colina desde donde se ve toda la bahía. Sin embargo era inadecuada para defender la villa de los piratas (justamente la reunión más grande de piratas se realizó en las cercanías de esta bahía en 1683) o rivalizar con las otras potencias colonialistas (Holanda, Francia e Inglaterra).
Cuando Honduras se independizó de España en 1821, Trujillo perdió para siempre su estatus de capital de la provincia de las Honduras. Debido a su vulnerabilidad la capital se trasladó a Comayagua, una aldea 300 km hacia el interior del país. (Y en 1880 se trasladó una vez más, definitivamente, a Tegucigalpa). Desde principios del siglo XIX, la aldea volvió a ser próspera.

En 1860, el mercenario William Walker, que había conquistado la vecina Nicaragua, fue finalmente capturado y ejecutado en Trujillo. Su tumba yace en el cementerio viejo hoy en día es una atracción turística.

Pocos años después de su fundación, el emperador Carlos V le concedió un escudo de armas. Consta de campo de gules con castillo de oro en llamas (que representa las luchas de los hidalgos de la ciudad contra los piratas), el rojo es por la sangre derramada, el castillo de oro representa la nobleza de la ciudad y la alta alcurnia de sus caballeros fundadores.
Encima se sitúan la Santísima Virgen y el Niño Jesús. Tiene bordura dorada con castillos de gules y plata, que son las armas de los Casaus, familia catalana de origen normando que en Castilla y América fueron llamados “de las Casas” y que ostentaban el título hereditario de “Caballeros de Trujillo”. La corona del escudo es de tipo mural.
La bandera es blanca sobre azul celeste. Tocando al asta, en la franja superior, tiene un medio sol amarillo de nueve rayos. En la parte cercana al vuelo (ocupando la cuarta parte de cinco divisiones de la longitud de la bandera) se sitúa el escudo, tres cuartas partes en la franja superior y una cuarta parte en la inferior.